Choachí es una palabra derivada de Chiguachi, que quiere según decir ventana de la luna o nuestro cerro de la luna. Antiguamente se escribía Chuachi. El nuevo y actual pueblo fue fundado entre el 29 de mayo y el 9 de julio de 1560 por Antonio Bermúdez, su encomendero por orden del Oídor Diego de Villafañe. Para reconstruír la iglesia fue contratado por el contador Juan Beltrán de la Sarte el Alarife Hernando Arias.
